Lisbeth Salander afsoner en kortere straf i kvindefængslet Flodberga. Hun gør alt for at holde sig fri af konflikterne mellem fangerne, men da en ung kvinde fra Bangladesh bliver mishandlet i sin celle, griber Lisbeth ind. Det betyder konflikt med Benito, en brutal livstidsfange med gode kontakter både inden for og uden for murene.
Lisbeth får besøg i fængslet af Holger Palmgren, der har fået fat i dokumenter, som kaster nyt lys over hendes barndom. Hun beder Mikael Blomkvist om hjælp til nogle undersøgelser, og sporene leder dem til Leo Mannheimer, partner i Alfred Ögrens Kapitalfond.
Hvordan hænger en velbeslået finansmands baggrund sammen med Lisbeths? Og hvordan skal Lisbeth håndtere den stadig alvorligere trussel fra Benito og hendes bande?
MANDEN DER SØGTE SIN SKYGGE, femte bog i Millennium-serien, er en historie om statslige overgreb, æresrelaterede konflikter og de skygger fra barndommen, der stadig plager Lisbeth Salander.